大部分子宫内膜异位症患者都能够自然妊娠，但也有一部分患者不能自然妊娠。如果不能自然妊娠，可以应用辅助生殖的办法，如试管婴儿等，也能解决妊娠的问题。由于病因不同，治疗不孕的方法也不同。
1、子宫内膜异位症可能影响精卵结合、精卵质量、子宫内膜的容受性，甚至有人认为内异症的病灶可能能够杀死胚胎，这些都会导致不孕。但当病灶减少后，这部分的原因可能就会消失。
2、子宫内膜异位症的病灶可导致输卵管、卵巢或盆腔粘连，造成输卵管不通，经过治疗以后，如果输卵管能够通畅，那么也就能够怀孕了。
3、部分子宫内膜异位症是免疫性的因素引起的，药物治疗以后，容受性增加，免疫因素解除，也能够怀孕。
